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SNPタイピングに用いるQProbeは、SNP部位が中央付近にあり、片方の遺伝子型と完全に相補的な配列にします(図1)。 まず、ゲノムDNAを抽出・精製し、目的のSNP部位を含む領域をPCRなどで増幅後に、温度を下げるとQProbeが所定の場所に結合し、相補鎖のグアニンの作用で蛍光が減少します。
次に、温度を徐々に上げると、QProbeが解離して蛍光が増加します。QProbeと相補鎖の塩基配列にミスマッチがあると、結合力が弱いために低い温度で解離することになり、蛍光の増加は低い温度で起こります。
従って、蛍光が増加する温度から一塩基の違いを判別することができます(図2)。
図1 QP法によるSNPタイピング原理
QProbeが目的遺伝子から離れて蛍光が増加する温度の違いから遺伝子型を判別します。
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図2 QP法によるSNPタイピング例
上: 解離曲線(蛍光値の変化) 下: 解離ピーク(解離曲線データの微分値)
解離ピークの頂点の温度が、QProbeが目的遺伝子から離れる温度を示しています。
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