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 技術情報
QP法によるSNPタイピング
QP法とは
SNPタイピング
遺伝子定量
設計・反応条件
ユニバーサルQP法
参考文献

一塩基の違いを、QProbeと増幅産物の結合力の違いによる解離温度の差から識別します。
迅速さ、正確さが要求されるルーチン分析に最適です。

特徴

作業が1工程なので簡単、迅速、正確
DNAサンプル、QProbe、PCR反応試薬を混合して装置にセットするだけ。(リアルタイムPCR装置使用時)
作業工程が少ないので、人為的なミスが起こりにくい。
電気泳動が不要でPCR反応後の容器のフタをあける必要がないので、増幅産物のコンタミネーションが起こりにくい。
 
低コスト
1SNPのタイピングに必要なプローブは、1種類の蛍光色素を標識したプローブが1本のみ。
QProbe1本(1 OD)で数百〜数千反応に使えるので、多検体で同じSNPをタイピングする場合は非常に低コスト。
 
複数のSNPを同時にタイピング可能
異なる波長のQProbeを用いて、1反応で2〜3 SNPの同時判定が可能。
  (使用する装置の検出可能な蛍光波長によって、使用できるQProbeの種類は異なります。)

原理

 SNPタイピングに用いるQProbeは、SNP部位が中央付近にあり、片方の遺伝子型と完全に相補的な配列にします(図1)。
まず、ゲノムDNAを抽出・精製し、目的のSNP部位を含む領域をPCRなどで増幅後に、温度を下げるとQProbeが所定の場所に結合し、相補鎖のグアニンの作用で蛍光が減少します。
 次に、温度を徐々に上げると、QProbeが解離して蛍光が増加します。QProbeと相補鎖の塩基配列にミスマッチがあると、結合力が弱いために低い温度で解離することになり、蛍光の増加は低い温度で起こります。
 従って、蛍光が増加する温度から一塩基の違いを判別することができます(図2)。

QP法によるSNPタイピング原理

図1 QP法によるSNPタイピング原理
QProbeが目的遺伝子から離れて蛍光が増加する温度の違いから遺伝子型を判別します。

QP法によるSNPタイピング例

図2 QP法によるSNPタイピング例
上: 解離曲線(蛍光値の変化)
下: 解離ピーク(解離曲線データの微分値)
解離ピークの頂点の温度が、QProbeが目的遺伝子から離れる温度を示しています。

応用例

   
ヒトの体質関連遺伝子検査
農水畜産物の品種識別
作物や家畜の育種への活用(経済形質関連SNPなどの選抜、検査)
   
QP法による3種のSNPの迅速同時タイピング
全自動SNPs検査装置 i-densy(アークレイ株式会社)
全自動遺伝子解析装置 GENECUBE(東洋紡績株式会社)
   
■ 関連情報  
QProbeの設計方法、反応条件
QP法を活用した遺伝子検査製品開発に関する意見交換の募集
   

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